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BioJava安装入门

时间:2009-10-11 21:16来源:未知 作者:大宝库 点击:读取中
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和生物信息学沾边的编程语言浩如烟海,BioPHP、BioJava、BioPerl、BioPython、BioRuby等等……据Bioinformatics.org上最新的投票显示(http://www.bioinformatics.org/poll/index.php?dispid=16):BioJava以17%的选择率位列第三,仅次于Python和PERL。如果考虑到在其他领域的受欢迎程度和程序执行速度,则Java又大幅胜出。那么BioJava能做些什么呢?目前,其功能主要覆盖以下几个方面:基因组(序列转换、基因注释、BLAST&FASTA);蛋白质组(等电点计算、蛋白结构预测、序列比对)、一些常用算法(遗传算法、HMM、动态规划等)和BioSQL(生物学数据库支持,包括一般的数据库类型、序列数据库和Ontology数据库)。就我目前使用过的极为有限的编程工具而言,与R相比,优势在于嵌入到Java程序更为方便,缺点是不容易上手(需要先熟悉Java);与Matlab相比优势在于开源,与Perl相比执行效率更高。这里以简单的DNA序列翻译成RNA为例,介绍其安装和初步的使用。

 

首先,到下面这个地址下载BioJava的发行包,目前版本为1.5,需要Java运行环境1.4.2以上。http://www.biojava.org/download/bj15/bin/BioJava1.5-bin.tar.gz

 

Java环境的配置这里就不再啰唆啦,有问题的可以参考某酷的“实践分享之一”。

 

把上面的那个压缩包放开到方便的目录(我这里是C:\),在CLASSPATH环境变量中加上这些:

C:\biojava-1.5.jar;biojava的核心文件

 

C:\bytecode.jar;biojava运行的必须文件

 

C:\commons-cli.jar;仅在编译和使用某些Demo时才会用到


 

下面这三个是仅涉及到BioSQL时才会用到的包

 

C:\commons-collections-2.1.jar;

 

C:\commons-dbcp-1.1.jar;

 

C:\commons-pool-1.1.jar

 

配置完毕后在C盘新建一个test.java文本文档,输入以下内容:

 


 

import org.biojava.bio.symbol.*;

 

import org.biojava.bio.seq.*;

 


 

public class test {

 


public static void main(String[] args) {

 


try {

 


//make a DNA SymbolList

 


SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");

 


symL = DNATools.toRNA(symL);

 


//just to prove it worked

 


System.out.println(symL.seqString());

 


}

 


catch (IllegalSymbolException ex) {

 


//this will happen if you try and make the DNA seq using non IUB symbols

 

 

ex.printStackTrace();

 


}catch (IllegalAlphabetException ex) {

 


//this will happen if you try and transcribe a non DNA SymbolList

 


ex.printStackTrace();

 


}

 

}

 

}

 

回到C盘根,如果上述过程一切顺利,输入javac test.java 和java test就能看到运行结果:

 

augccgaaucguaa

(责任编辑:大宝库)


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